نفس جوهری است که ذاتا مجرد بوده ولی در مقام فعل یک نحوه تعلّق به ماده دارد. ـــ  مراد از ماده، اصطلاح فلسفی آن است نه اصطلاح فیزیکی آن ـــ   لذا با دقت  درست نیست که گفته شود ، نفس در مقام فعل یک نحوه تعلق به جسم یا بدن دارد ؛ چون بدن مرتبه ا ی از مراتب خود نفس است که در این مرتبه نفس به ماده تعلق می گیرد.
نفس حقیقتی است یگانه که دارای مراتب طولی است. عالی ترین مرتبه نفس مرتبه عقلی آن است که در آن مرتبه، نفس مجرد تامّ عقلی بوده و با عقول مفارق متّحد است و مرتبه متوسط آن، مرتبه مثالی است که با عالم مثال متحد است. با توجه به این دو مرتبه در تعریف نفس گفته می شود: نفس جوهریست ذاتا مجرد. مرتبه نازله ی نفس انسان، همان صورت انسانی است که به ماده ثانیه ی  بدن(گوشت و پوست و استخوان و ...) تعلق گرفته و آنها را صورت انسانی بخشیده است. این صورت به اعتبار تعلق آن به  ماده(گوشت و پوست و استخوان و ...) بدن مادی گفته می شود؛ ولی با صرف نظر از تعلق آن به ماده همان صورت مثالی انسان است. به عبارت دیگر پایین ترین مرتبه مثالی نفس با بالاترین مرتبه وجود مادی انسان یکی هستند و تفاوت آنها به اعتبار تعلق و عدم تعلق است.
این صورت انسانی آن به آن از مرتبه مثال نفس  به مرتبه بدن افاضه می شود؛ از صورت نطفه تا آخرین صورت انسان که در لحظه مرگ از ماده جدا می شود همگی از نفس مثالی افاضه می شوند که ما از زاویه دیدمان در عالم ماده و به اعتبارِ داشتن علم حصولی ، آن را به صورت حرکت جوهری ادراک می کنیم.
در قوس نزول ، حقایق اشیاء از یک عقل مجرد(عقل اوّل) تنزّل نموده اند، آخرین حدب این تنزّل ماده اولی است و بالاتر از ماده اولی جسم است و بالاتر از آن نیز مراتبی است تا برسد به جمادات  ــــ  جماد به اصطلاح فلسفه – با اندکی تسامح - که اعمّ از جامد و مایع وگاز بوده و پایین تر از نبات است ــــ  بالاتر از جماد ، نبات است که خود مراتبی دارد و بالاتر از نبات حیوان است که آن هم مراتبی دارد ؛ و بالاترین صورت، صورت انسانی است.خود صورت انسانی نیز دارای مراتب است ؛ لذا کاملترین ظهور عقل اول در عالم طبیعت صورت انسان است که تمام مراتب پایین را نیز طی کرده و داراست . انسان زمانی خاک و غذا بود و آن گاه به مرتبه نباتی(نطفه و مضغه و علقه و ...) ترقی نمود ؛  و در حدّ جنینی به مرتبه حرکت ارادی و نفس حیوانی رسید و آن گاه که به مرتبه استنباط غیب از شهود(محسوس) رسید به مرتبه نفس انسانی بار می یابد ؛ لذا منکر عالم غیب ، همواره در مرتبه حیوان است و از نفس انسانی محروم است ؛ یعنی حیوان بالفعل  و انسان بالقوه یا عاقل بالقوه است ؛ لذا خداوند کافر را حیوان نامید و در وصف آنها فرمود:

« إِنَّ شَرَّ الدَّوَابِّ عِنْدَ اللَّهِ الَّذینَ کَفَرُوا فَهُمْ لا یُؤْمِنُونَ » (انفال / 55) « إِنَّ شَرَّ الدَّوَابِّ عِنْدَ اللَّهِ الصُّمُّ الْبُکْمُ الَّذینَ لا یَعْقِلُونَ  » (انفال / 22)

یعنی در عین اینکه بالقوه عاقلند ولی بالفعل تعقّل نمی کنند . آنچه اکثر بشر آن را تعقل می نامد در واقع تخیل و توهم است نه تعقل به معنی حقیقی کلمه. لذا از دید حکما، علوم طبیعی و علوم ریاضی زائیده قوه تخیل و توهّمند ؛ و توهم دامنه عقل است  کما اینکه تخیل دامنه وهم است  - تخیل و توهم فلسفی مراد است نه وهم و خیال عرفی که معنی منفی دارد. -
انسان در سیر تکاملی خویش می تواند مسیر آمده را بازگشته و به مرتبه عقول مجرد برسد .  انسان کامل که تمام قوای وجودی خویش را به فعلیت رسانده است،‌ تمام مسیر آمده را بازگشته است لذا عقل او متحد با عقل اول و خیال او متحد با مثال مطلق- نه مثال جزئی - و حس او متحد با عالم طبیعت است؛ از این رو انسان کامل کون جامع و محیط بر عالم خلق است- البته برای انسان کامل مقامی برتر از این نیز وجود دارد که بیان آن خارج از وسع این نامه است. -
در لحظه مرگ آنچه عزرائیل(ع) و قوای عزرائیلیه(ملائک تحت فرمان او که شئون او هستند) قبض می کنند تمام حقیقت انسان است ؛ و تمام حقیقت شی به صورت آن است نه به ماده آن ؛  لذا انسان هنگام مرگ با تمام وجود از عالم ماده خارج می شود ، هم با روح هم با بدن؛ و آنچه از او می ماند ماده ثانیه است که فاقد صورت انسانی بوده ودر حدّ جماد است؛ واگر آن را جسد انسان می گویند به اعتبار این است که سابقا ماده ثانیه صورت انسان بوده است ؛  البته در دقایق اولیه موت هنوز نفس نباتی انسان در بدن او باقی است و به طور کلی نفس از بدن بریده نشده  است لذا تا بدن گرم است، دست زدن به او موجب غسل میت نمی شود چون هنوز میّت نیست.
پس نفس دارای سه مرتبه کلی یا سه نشئه است که رابطه بین آنها رابطه ظهور و بطون است ؛  ظاهرترین مرتبه آن که پایین ترین مرتبه است صورت بدن است- نه ماده بدن- بنابراین بین نفس وبدن تفکیک ذاتی وجود ندارد.  بر این اساس مرتبه عقلی نفس عین مرتبه مثالی آن است لکن در مرتبه ای قویتر ؛ و مرتبه مثالی نفس عین بدن انسان است لکن در مرتبه ای قویتر ؛ لذا در حکمت متعالیه گفته می شود نفس همان بدن است حقیقةً و بدن همان نفس است رقیقةً. ــ چنین حملی را در حکمت متعالیه حمل حقیقت و رقیقت گویند . ـــ  نفس در مرتبه عقل، عقل است و در مرتبه خیال، خیال و در مرتبه حس، حس؛ لکن عقل ، خیال و حس  نفس نیستند.  «النفس فی وحدتها کل القوا و لیس بشیء منها». تفصیل بحث را در کتاب «معاد از دیدگاه امام خمینی(ره)» ص55-95 و 217-251 مطالعه فرمایید. کتاب معاد استاد محمد شجاعی را هم ملاحظه فرمایید.